En un primer lugar los españoles la llamaron Santa Catalina al igual que la isla en donde está su núcleo histórico, luego recibió la denominación en español y en portugués de Santa Catharina o Santa Catarina y oficialmente el nombre de Nuestra Señora del Destierro, durante el siglo XIX e inicios de siglo XX los brasileños la llamaron Desterro.
Desde fines de siglo XX es frecuente que se la llame coloquialmente Floripa y se le apode "Isla de la Magia" esto último -se dice- debido a que allí se habrían refugiado varios alquimistas durante el período colonial tanto español como portugués.
